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魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、
現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。
そして、春。
今年も新入生の季節が訪れた。
国立魔法大学付属第一高校 通称『魔法科高校』は、
成績が優秀な『一科生』と、その一科生の補欠『二科生』で構成され
彼らはそれぞれ『花冠』（ブルーム）、『雑草』（ウィード）と呼ばれていた。
そんな魔法科高校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。
兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。
妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。
どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、
彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。
二人がこのエリート校の門をくぐったときから、
平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた・・・
